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长江口及其邻近海域富营养化问题严重，是我国赤潮高发海区，研发一个适用于长江口及邻近海域的生态动力学模型，对研究长江口赤潮问题、开展海区环境保护治理等具有重要意义。本文基于MIKE模型的ECOLAB开放平台，开发构建了长江口多藻类生态动力学模型，模型能够模拟3种藻类(甲藻、硅藻以及其他藻)在水体中的生命活动过程以及营养元素(碳、氮、磷、硅、氧)在藻类、浮游动物、碎屑和沉积物之间的循环过程。模型在长江口进行了初步应用，结果表明模型能够模拟长江口海域的藻类变化的主要特征。