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本文阐述了中国海大型底栖动物(macrofauna)、小型底栖动物(meiofauna)、微型底栖动物(microfauna)以及超底栖生物(hyperbenthos或superbenthos)和巨型底栖生物(megabenthos)多样性研究的进展概况，提出了当前我国海洋底栖生物多样性研究存在的问题：(1)海洋底栖生物标本采集和物种多样性调查研究远远不够。如滨海湿地有着丰富的寡毛类环节动物、甲壳纲原足目和端足目的节肢动物，特别是典型生态系统红树林湿地和海草湿地，这些常见大型底栖动物类群的分类尚不完善。又如红树林湿地的小型底栖动物和微型底栖动物，尚有很多物种未被发现和描述。(2)缺乏较规范的分类体系，分类上的观点以及物种名称的不统一，会造成种类鉴定不准确和混乱，同物异名现象很常见。如福建沿海的一种牡蛎，以前定名为褶牡蛎(Ostrea plicatula)，后来改名为僧帽牡蛎(Saccostrea cucullata)，最近又更改为香港巨牡蛎(Crassostrea hongkongensis)，因而在不同的文献上出现同物异名。(3)形态分类、分布图形的描述性工作有一些积累，深入探讨海洋底栖生物多样性功能的定量工作很少。(4)目前各单位海洋底栖生物分类专业队伍严重萎缩，人才匮乏，尤其是很多基层监测单位几乎没有专业的分类人才。现场实验方法和仪器设备更新缓慢，工作量大，导致分类人才进一步流失。(5)已有记录海洋底栖生物物种的地理分布区及适温性尚待核实。(6)分子系统发育研究零星而分散。