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分子自组装是在纳米尺度或微观尺度上构建有序结构的一个自发过程，它提供了一个“自上而下”(“bottom-up”)的方法来制备功能纳米材料.在自组装过程中，小分子主要借助非共价相互作用形成超分子水凝胶，包括范德华相互作用、疏水相互作用、氢键、π-π堆积等.近年来由低分子量小分子自组装形成的超分子水凝胶引起了广泛的关注，尤其是肽类小分子自组装形成的超分子水凝胶在控制药物释放和三维细胞培养等生物医学领域展现了潜在的应用价值.本文通过分子动力学模拟方法研究了Fmoc-FF小分子自组装形成凝胶的过程.模拟中，通过研究Fmoc环上径向分布函数，我们得出在0.42-0.5nm范围的峰值较大，推测这是一种典型的π-π堆积作用距离，并从模拟的构型图中观察到这种π-π堆积方式.然后我们又研究了Fmoc-FF分子间以及Fmoc-FF分子与水分子间形成的氢键的数目和弛豫时间并通过研究Fmoc-FF分子碳骨架上二面角的变化，得出二肽小分子间反向平行的β折叠排列方式.最后我们研究了超分子水凝胶周围水的结构，得出水凝胶对第一水化层内水的束缚最强.