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建立行之有效的现代方剂研究体系,是中医药现代化进程中亟待解决的关键问题之一.本文分析了方剂的研究现状,指出系统生物学在方剂研究中应用的可行性和合理性已经获得了研究者们的广泛认同,接着阐述了系统生物学(基因组学、蛋白质组学、脂质组学、代谢组学)应用于方剂研究的概况.本体系的应用将有助于系统、深刻地揭示中药／复方的药效物质基础和作用规律，从而有望为解决长期以来困扰中医药进一步发展应用的“黑箱”问题提供契机。