【摘 要】
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目的 从方法学角度探讨212株(来源于我国北方五省：黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古和宁夏)结核分枝杆菌北京谱系菌株的群体多样性、起源进化及群体间基因流动特征.方法 对北方五省212株北京谱系结核分枝杆菌进行24位点MIRU-VNTR基因分型分析,计算各VNTR位点的h值.基于MIRU-VNTR分子遗传标记,从个体水平构建N-J系统发育树和最小生成树.进一步用Populations1.2.32软件从群体
【机 构】
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北京市结核病胸部肿瘤研究所 101149 河南工业大学 450001
【出 处】
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中华医学会结核病学分会2014年学术大会
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目的 从方法学角度探讨212株(来源于我国北方五省：黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古和宁夏)结核分枝杆菌北京谱系菌株的群体多样性、起源进化及群体间基因流动特征.方法 对北方五省212株北京谱系结核分枝杆菌进行24位点MIRU-VNTR基因分型分析,计算各VNTR位点的h值.基于MIRU-VNTR分子遗传标记,从个体水平构建N-J系统发育树和最小生成树.进一步用Populations1.2.32软件从群体水平构建系统发育树,在该发育树基础上利用Ytime软件通过贝叶斯模型计算最近共同祖先.通过分子方差分析了解五省菌株间的遗传进化情况.结果 24位点MIRU-VNTR的HGI值总体都比较低(0.000～0.805).个体水平系统发育树显示五省菌株分散存在于发育树的各个分枝,最小生成树中约60.8％(129/212)的菌株被划分到同一"克隆复合群".群体水平系统发育树显示212株北京谱系结核分枝杆菌与Beijing谱系(MIRU-VNTRplus数据库)的遗传关系最近(Bootstrap值为100),最近共同祖先为5,052年(95％Cis：4,000-6,200).黑龙江与吉林(Fst=0.024)、辽宁(Fst=0.027)；内蒙古与辽宁(Fst=0.045)；宁夏与内蒙古(Fst=0.023)之间遗传分化均不显著(P均大于0.01).结论 212株北京谱系结核分枝杆菌在北方五省之间的遗传多态性较低.各个省份内部菌株之间种系发生关系不明显.推测这些菌株是大约5,000年前结核分枝杆菌北京谱系的某一"克隆"发生扩展的结果.地理位置接近的省份,菌株间存在基因流动现象.
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