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世界一流农业大学建设的核心要素之一是要形成一种崇尚学术、追求卓越的学术文化，需要不断完善大学的内部治理结构，积极探索教授治学的有效途径，充分发挥学术委员会在学科建设、学术评价、学术发展中的重要作用，充分发挥教授在教学、学术研究和学校管理中的作用。从哲学意义上讲，自从大学有了专职的行政管理人员，就有了学者与行政管理人员在价值和行为上的差异，也就是学术权力与行政权力的冲突。学术人员更注重民主、自由，而行政人员更注重效率与约束，这种冲突往往与大学的整个发展史相伴生。近三年，南京农业大学在学术委员会建设方面进行了一系列有益的探索，较好在协同了学术权力与行政权力的关系，保障了学校的健康有序发展。