Dyella ginsengisoli LA-4联苯双加氧酶α亚基的结构研究

来源 :第十四次全国环境微生物学术研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wanghai19881016
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  联苯在常温下为白色或略带黄色鳞片状的结晶,具有独特的香味。目前环境中的联苯/多氯联苯主要依靠生物降解,其中好氧生物降解为主要方式。目前研究主要是集中在PcBs降解菌株的筛选、降解机理及降解相关的酶和基因方面的研究。研究表明,细菌对联苯/多氯联苯的好氧降解途径相似。联苯/多氯联苯的好氧微生物降解第一步是在联苯2,3一双加氧酶(BphA)的作用。本研究通过考察菌株Dyella ginsersgisoli LA-4的联苯双加氧酶a亚基(BphA-LA-4)护的结构,并与广泛研究的同源亚基进行了氨基酸的序列比对。Blast结果表明已知序列中与BphA-LA-4序列相似程度最高的为Polaromonas naphthalenivorans CJ2,相似程度为78%。通过SWISS-MODEL构建了BphAl的三级结构模型,采用的模板是Comamonas testosterone B-356,序列的一致性达到75.9%,可以用于同源建模。采用UCLA-DOE的Procheck,ERRAT,Verify_3D,及PmSA-web对模型进行质量检测。通过AutoDock4.2进行底物与酶的分子对接。根据文献报道并结合BphA-LA-4的实际情况,确定了与Fe共同构成活性位点的的氨基酸His238,His244,Asp393等,并预测了对底物选择性具有重要影响的氨基酸残基Met263,A1a273,Ile341,Thr382等,从而为将其突变为底物广泛的进化酶提供一定的理论基础。
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