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中医学理论体系是中华民族基于长期的临床实践，运用中国系统思维和整体论，对人类生老病死的生命活动及其调控规律、原理、法则的理性认识，是中华民族优秀文化的重要组成部分。从现代卫生保健事业的需求和中医药事业的整体发展来看，中医学理论既面临着迫切需要解决的自身建设与发展问题，也面对着如何回答时代难题的重要机遇与挑战。中医学理论体系是历经长期历史积淀的浩大而繁复的知识体系。古今皆缺乏对中医学理论体系的系统整理与研究，理论建设滞后已成为制约中医药学术和事业发展的重要问题。对中医学理论体系的系统整理与研究，是中医药学术发展和中医药事业振兴的重大需求，是关系到中医药学术前途命运的基础工程、战略工程，是建设具有中国特色的卫生保健体系的健康工程、生命工程，也是提高现代人自我保健意识和能力，构建和谐社会的民心工程、文化复兴工程。笔者对中医学科理论建设有一些思考。