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生物糖链对蛋白质构象、分子识别、细胞增殖和分化等过程具有重要影响，因而糖链分支结构的准确鉴定对于功能糖组学具有重要的意义。多级质谱技术可以对糖链碎片进行多级断裂，反映出碎片的不同层次的结构信息，因此成为糖链结构鉴定的一项重要技术。目前，多级质谱技术鉴定糖链结构面临两个困难：一是如何准确且有效选择母离子碎片产生下级质谱谱图；二是如何通过众多的多级质谱图解析出糖链的分支结构。为了解决上述两个难题，本文首先提出一种自动选择最具结构信息的碎片产生多级质谱谱图的方法，然后基于多级质谱谱图信息鉴定出糖链的分支结构，最后应用建立的方法鉴定生物样品中的糖链分支结构。实验结果表明，利用建立的多级质谱方法可准确鉴定标准糖链的分支结构，并且利用此多级质谱方法可实现糖链异构体的鉴定，最后新建的多级质谱方法能够准确鉴定糖蛋白和生物样品中糖链的分支结构。因此，本研究建立的多级质谱方法对于自动化鉴定糖链结构具有重要推动作用，并且为高通量糖组学的发展奠定了重要基础。