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排污许可证制度是一个“打包”的制度，起到点源守法文件和监管平台的作用。水排污许可证制度框架的设计以促进点源的“连续达标排放”为目标，将点源按外部性大小进行分类分级管理，建立由中央政府承担更多责任的许可证管理体制；以提高许可证管理的确定性为目标的管理机制设计包括信息机制、资金机制、监督问责机制等；建立注册环境管理工程师制度满足实施排污许可证对专业人才的需求；加强以排污许可证制度为核心的政策整合，提高相关政策间的协调，减少冲突，提高政策效率。