论文部分内容阅读
蝾螈是研究再生机制的优秀模式生物,尤其成年的蝾螈,其附属肢体拥有完全再生潜力.miRNA已被证明在肢体再生中发挥关键作用.本研究以蝾螈为模型,对截肢后六个关键时间点(0d,3d,7d,14d,30d,42d)的肢体组织样品进行高通量测序技术(包括转录组、miRNA组与蛋白质组).在转录组学研究方面,使用短序列组装软件SOAPdenovo对六个时期转录组测序结果进行从头组装(De novo),组装后获得326067条转录本和154790条Unigenes序列,利用GO功能分析和KEGG代谢途径分析发现,发现13601个基因参与4366 KEGG pathway,丰富了蝾螈的转录组信息.通过iTRAQ定量分析研究,鉴定了2636个蛋白,我们将变化倍数(log2值)＞2和＜-2、统计学有显著差异(P-value值)＜0.001、错误发生率(FDR) ＜0.01作为筛选基因的标准,共鉴定到了其中有443表达差异显著蛋白,其中259个下调,184个蛋白上调.构建了18个小RNA文库,共获得7448099条原始序列读数(raw reads).经过各种质量控制程序处理后,共得到4583945条高质量序列读数(即mappable reads),对得到的纯净序列进行比对分类,共检测到1773条pre-miRNA编码1906条成熟体miRNA,共鉴定了2004条miRNA序列,其中206条已知序列1104条新发现的miRNA.通过生物信息分析,在肢体再生的6个时期,396个miRNA呈现出差异表达(P＜0.05).通过TargetScan50 and miRanda 3.3a软件分析,预测CTNNB1可能是PC-3p-262815_32的一个潜在靶点,通过靶向β-catenin来调节WNT/β-catenin信号通路,不同时间点的miRNA、靶基因mRNA水平存在表达差异,其中aca-miR-203-3p和mdo-miR-20a-3 p_lss5C的变化趋势与其靶基因FGFR3的mRNA及蛋白表达水平总体上呈负相关,共同调节MAPK信号通路.本研究首次同时通过转录组、miRNA组及蛋白质组三个层面的高通量测序技术探索了microRNA 在肢体再生中的调控作用,这些研究结果为解析蝾螈肢体再生过程中的信号转导机制及科学调控再生奠定了基础.