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采用生物信息学方法对NCBI 数据库上公开的坛紫菜（Porphyra haitanensis）ESTs 序列进行EST-SSRs 特征分析，剔除冗余序列，得到非冗余序列3489 条。在非冗余序列中发现其中210 条EST 序列中含有不同重复基元的SSRs 224个。在各种重复基元中，三核苷酸重复基元的SSRs 出现频率最高（64.29％），其次是二核苷酸（33.48[％]），四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基元出现频率较低。AG/TC 和GGC/CCG 是二、三核苷酸中的优势重复类型，分别占二、三核苷酸重复类型的24.6％和33.9％。根据这些含有SSRs的EST 序列，采用PPremier 5.0 软件设计了37 对EST-SSRs 引物，并以15个坛紫菜种质品系的DNA 作为模板进行检验，结果表明其中28 对引物可以扩增出清晰、稳定的条带。并根据这28 对引物的扩增结果对15个坛紫菜种质品系进行了遗传变异分析，共检测到224个位点，每条引物检测的位点数在4～15 之间，有效等位基因数，期望杂合度，多态信息含量分别为2.81，0.64 和0.57。这些结果表明15个坛紫菜种质品系中蕴含着丰富的遗传变异位点，可以为后续的遗传育种提供良好的种质基础。