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本文针对SAR图像的亚像素精度配准问题，提出了一种基于FFT变换和结构特征的多阶段亚像素配准算法。首先利用基于FFT变换的配准方法实现对SAR图像的粗配准，然后在对SAR图像正确检测和分割的基础上提取图像的结构特征，并对其结构特征进行正确的描述，同时对利用结构特征提取的局部区域进行双线性插值，获律图像的亚像素变换矩阵，最终实现图像的自动配准，实验结果表明，该方法获得亚像素精度配准结果并具有较高的效率。