脂肪细胞分化相关miRNA-hsa-miR-378生物信息学分析

来源 :《中国儿童保健杂志》创刊20周年暨全国儿童保健学术会议 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zq0453
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  [目的]利用各种生物信息学工具分析hsa-miR-378转录调控、靶基因功能,以期为研究hsa-miR-378在人脂肪细胞分化过程中的功能与调控机制提供线索.[方法]应用UCSC Genome Browser、Promoter scan等在线工具,分析hsa-miR-378在基因组上下游10kb以内的CpG岛分布情况、转录起始位置(TSS)、转录因子结合位置(TFBS)等;选择TargetScan、PicTar、MiRanda三种计算方法预测hsa-miR-378的靶基因,取三个预测结果的交集,并合并DIANA LAB-TarBase6.0数据库的已验证靶标,对所得靶基因集分别进行GO注释描述、GO富集分析和pathway富集分析.[结果]hsa-miR-378可能具有独立的启动子,可能受C/EBP β转录因子的调控;其预测靶基因集合富集于转录调控、蛋白质修饰、细胞分化等生物学过程和功能(P<0.01);并显著富集于TGF-β信号通路、Wnt信号通路等4个信号通路,以及甲状腺癌、系统性红斑狼疮等8个疾病通路中(P<0.05).[结论]通过对hsa-miR-378转录调控元件、靶基因的分析,为hsa-miR-378在人脂肪细胞中的功能与调控机制研究提供了线索和理论依据.
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