三维分子动力学模拟的OpenMP并行程序设计

来源 :2007年全国高性能计算学术年会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:liongliong529
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OpenMP有循环级和SPMD(单程序多数据)两种编程方式。本文详细介绍了三维分子动力学模拟程序MDP的两种OpenMP并行程序设计方法。循环级方式的OpenMP程序编程简单但可扩展性很差;SPMD方式的OpenMP程序可以将数据局部化,实现粗粒度的并行,获得良好的可扩展性.测试结果表明,循环级方式的OpenMP程序只在处理器数据局少时有较好的加速比,而SPMD方式的OpenMP程序具有跟MPI相当的并行性能,可以近似线性地扩展到4096个处理器。
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