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为确保ISSR分析结果的可靠性和重复性,对ISSR-PCR反应体系进行优化,以苦楝基因组DNA为研究对象,采用正交试验设计,对影响ISSR-PCR反应结果的Mg2+,dNTP,模板DNA含量,Taq DNA聚合酶量,引物浓度等5个因素进行优化实验,建立了苦楝ISSR-PCR最适反应体系:dNTP浓度0.30mmol/L、Taq DNA聚合酶浓度1.00 U、引物浓度0.80μmol/L、Mg2+浓度2.00mmol/L、模板DNA浓度40 ng,总反应体积为20μl.苦楝ISSR反应体系的建立为利用ISSR分子标记技术研究苦楝的遗传多样性奠定了良好的基础.