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康熙年间天主教耶稣教士已在南京活动。第二次鸦片战争后签《天津条约》(1858)，在鸦片战争后《江宁》和《望厦》等条约已开放五海口中更加入了允许外人居住其它地方的条件，也担保宗教自由。传教士就涌入内地，开始活动了。美国内战完结(1865)，七十和八十年代农工商业发展，中美来往增加；来华美国人数愈来愈多。基督(新教)传教士在各省城市村庄建立教堂，创办医院，学校。虽然驻南京人数不多，但也代表几家宗派，其中有美以美会，北长老会，和基督会教士。金陵大学于宣统二年(1910)正式成立，是由此三家教派组织的教育单位合并的。到民国初期金大“水平已可与美国大学本科相比。”现合并入南京大学，为国家重点高等学府之一。解放前曾培养了中国最多的农业高级专业人才。它的物理和化学在中国名列前茅；中国文化研究所汇聚了大批著名的国学研究者。