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多年来环境保护已受到重视，尤其是在许多纯净水稀缺的地方。由于生产过程要消耗大量的水，因此，水处理问题对于制浆造纸工业来说其重要性日益提高。
生物治理已经得到应用并且是最先进的污水处理技术，但由于能源成本高涨，正在寻找能够最大限度减少处理费用的方法。在不影响最终产品质量的前提下，通过封闭水循环回用，提高水的再利用。从成本和环保的角度来看，在厂外处理前对选择的工艺液流均进行预处理在许多情况下有利。
制浆造纸厂污水对环境影响关注的重点，近年已从费用、色度、悬浮固形物和有机物等广泛的指标转向更具体的甾醇及“内分泌干扰物质”等指标。
由于将来工厂必须更详细地监控其排放物，利用专门的污水处理方法变得越来越重要。
几种去除不同类型有机物的方法已有报道。各种处理方法的去除效率存在很大的差异。相对分子质量低的物质很容易通过生物手段降解，而较复杂的如木素和木聚糖等有色化合物往往要求更先进的处理方法。将列举一些典型案例来加以说明。