藏鸡EPAS1基因的多态性及表达差异分析

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本文采集日喀则藏鸡、寿光鸡和白来航3个群体血液样品,用苯酚一氯仿法提取基因组DNA。设计引物19对扩增EPASl基因17个外显子、5"端5000 by和3"端2000by序列,每个群体10个个体PCR产物等量混池测序,比对分析SNP,选择相应的内切酶检测群体多态性。采集藏鸡、茶花鸡、寿光鸡3个品种种蛋进行低氧和常氧孵化,于孵化第9,11和16天采集尿囊绒毛膜组织,提取总RNA,以GAPDH为参照基因,进行RT-PCR,计算相对表达量,以多重比较法分析品种间的差异。在鸡EPASI基因5"侧翼5000bp范围内发现28个突变位点,其中置换突变26个,插人或缺失位点2个;在3"侧翼2000bp范围内发现9个突变位点,其中置换突变8个,插人突变1个;在EPASl基因的17个外显子区域发现7个突变位点,其中错义突变位点4个,同义突变位点3个;另外,在部分内含子区域发现45个突变位点,其中置换突变42个,插人或缺失位点3个。低氧孵化增加藏鸡、茶花鸡、寿光鸡EPAS1基因表达,尤其在第9和11天低氧反应更敏感。藏鸡EPAS1基因表达在lld时低氧反应敏感,表达模式与茶花鸡相近,寿光鸡EPAl表达低氧反应均不敏感。EPAS1基因编码低氧诱导因子2(HIF-2),是低氧适应的重要候选基因,在整个低氧适应过程中起着中枢纽带作用,与靶基因结合,促进一系列基因表达,改善氧供应,以恢复氧平衡,使细胞、组织和机体在低氧条件下存活和生长。
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