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目的：用人基因表达谱cDNA芯片研究原发性肝癌(HCC)与癌旁正常肝组织的基因表达差异并进行验证。
方法：利用含有人5075个基因cDNA的人表达谱芯片,将6例原发性肝癌患者分为伴和不伴门静脉癌栓两组(A组和B组,每组n=3),分别取癌组织、癌栓组织和癌旁正常肝组织,分别抽提总mRNA,反转录为cDNA与芯片进行杂交,对比mRNA表达的差异。在差异表达的基因中,选取9个基因在41例肝癌病人癌和癌旁正常肝组织进行RT-PCR实验验证其表达情况。
结果：癌组织及癌栓组织与癌旁正常肝组织比较,伴门脉癌栓组(A组)癌组织与不伴门脉癌栓组(B组)癌组织中上调表达基因分别有169和170个,两组下调表达基因分别有349和364个,其中两组共同上调表达基因中135个,共同下调表达基因305个.两组癌组织分别表达上调和下调的基因之中,表达明显上调的基因(ratio＞3)无癌栓组有3个、癌栓组有5个,而明显下调的(ratio＜0.4)无癌栓组有4个、癌栓组有10个.分别挑选两组癌组织共同高表达基因(ASPH)、共同低表达基因(MT1X)、有癌栓组高表达基因(FACL4、POSTN、MAP4K4、HSF1、UCHL1、DAP3、IARS)共9个,在41例HCC病人组织和四种肝癌细胞系中进行RT-PCR检测,其中ASPH、MT-1X、MAP4K4、FACL4、DAP3、HSF1在癌组织中的表达与癌旁组织比较有显著差异或有差异(P＜0.01或P＜0.05)。
结论：基因表达谱cDNA芯片是检测肝癌差异基因表达的有效方法,其基因变化可以进一步在RT-PCR中证实。ASPH、MAP4K4、FACL4、DAP3、HSF1和MT-1X在癌组织中表达明显高于和低于癌旁组织,在肝癌细胞系中表达亦增高和降低,但在41例标本中表达变化与伴或不伴门静脉癌栓相关性不明显。