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杧果栽培历史悠久，品种繁多，仅印度就有1 000多个品种，我国约有200多个品种或品系。由于杧果是开放性授粉的植物，许多品种都是通过实生苗繁殖和芽变选种获得，许多资源缺乏相应的文字记录，并且由于存在饰变和观察标准不同，导致同物异名、同名异物的现象严重。SCoT分子标记是一种基于翻译起始位点的目的基因标记新技术，具有操作简单，重复性好等特点，目前已经成功应用于水稻、花生、卡亡果、龙眼、柑橘、柿等物种的遗传研究。本文运用SCoT分子标记对73份杧果资源进行了分析，聚类结果显示，中国内陆的杧果品种与泰国、越南等东南亚国家的杧果品种亲缘关系较近而聚类到一起，说明东南亚区域内杧果种质资源交流密切，而我国许多杧果新品种的母本或父本也源于这些区域。源于中国台湾、美国和澳大利亚的杧果品种单独聚类到一起，说明其亲缘关系较近，符合中国台湾的许多杧果品种的亲本来自于美国的事实。试验结果表明，SCoT分子标记是一种非常有效的用于杧果遗传多样性分析的标记方法，能够很好地体现杧果品种之间的亲缘关系。