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H9N2亚型禽流感病毒是危害我国养禽业的重要病原，并威胁人类健康。近年来，该亚型病毒持续在我国鸡群中流行，为了解其分子演化规律，我们进行了2009～2011年H9N2禽流感病毒分离株的分子遗传进化分析。研究发现，H9N2流感病毒HA及NA基因持续进化，表现出时间相关性，但是部分毒株的HA基因形成了一个独立的小进化分支。内部基因中，F/98分支源基因占优势；分离株中出现了水禽源(DK)内部基因，暗示可能发生了水禽与鸡群毒株之间的基因重组。关键氨基酸位点分析发现，分离株的裂解位点序列主要为P-S-R-S-S-R和P-A-R-S-S-R两种模式，仍然符合低致病性禽流感病毒的特征；大部分分离株具有7～8个糖基化位点；在受体结合位点，分离株的190位氨基酸发生了由A/T到V的变异，这与2008年以后分离株的特点相似；值得注意的是，在抗原决定簇区域，分离株多发生了由S到R的变异，这是2009～2011年分离株所呈现出的新特性，可能影响病毒的抗原性等生物学活性。该研究揭示了2009～2011年H9N2流感病毒的分子遗传进化规律，为我国H9N2亚型流感的科学防控提供了理论依据。