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虽然科研项目评价制度在科研资助过程中的作用十分显著，但是，科研项目评价制度实际上并非完美无缺的。从某种意义上讲，在不同的科研项目评价制度下，即使是同一个科研项目也会表现出不同的科研绩效。总的来看，科研项目评价制度的存在五大缺陷：第一，评价标准比较宽松；第二，过于强调论著数量；第三，科研期限缺乏弹性；第四，绩效挂钩“误导”科研；第五，经费监管存在漏洞。