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三系杂交稻利用的雄性不育是质核互作雄性不育，在杂交粳稻中主要以利用包台(BT)型雄性不育细胞质。质核互作雄性不育是一复杂的遗传性状，在水稻BT型不育细胞质的育性遗传方面，多数研究认为BT型雄性不育系的恢复受1对显性基因控制，并将Rf1定位在第10染色体上，但还有一些研究认为存在2对基因控制的育性遗传情况，但尚未定位到新的基因。