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小卫星编队能够替代大型卫星的功能，设计思想上突破了传统大卫星的尺寸限制，可以实现某些大卫星所不能完成的任务。针对小卫星编队飞行队形保持与控制的实时性要求，给出了侧音一次全发的方法，实现了测距音的一次发送与提取。给出FFT法测量相位差实现侧音测距的算法推导，进行了测距精度误差分析。仿真结果表明，测量精度与主侧音信号频率、信噪比、采样点数等有关，可适当选取相关值达到预期的测距精度要求。