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家猪乳腺不仅可以作为代替人类乳腺进行乳腺研究的模式器官，也是开发生物反应器的理想材料，对猪乳腺的研究还可以增加母猪泌乳量和提高仔猪生长速度，有助于提高养猪业的经济效益。mRNA测序是一种快捷、高效的揭示转录组信息的最新方法，它可以提供全面的转录组信息(包括未知、低丰度、变异转录本)，且不需要设计基于序列信息或是二级结构信息的探针，使得对物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能。本文分别构建了金华和大约克猪的乳腺组织mRNA cDNA文库，通过Illumina GenomeAnalyzer IIx测序平台对其进行深度测序以获得特定时期的乳腺mRNA种类和表达量，利用生物信息学方法对mRNA、基因组进行分析，并进行品种间的表达差异比较，以期为深入研究猪乳腺泌乳和调控机制奠定基础。