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以全国14个产地的266个川芎个体为材料,应用100条ISSR引物、64对AFLP引物进行多态性筛选。筛选到ISSR特异性引物共10条,AFLP特异性引物共6对;分别扩增出106和256条条带,多态条带百分率分别为35%和29.3%。这些表明:川芎在自然居群间存在比较低的遗传多样性。利用ISSR和AFLP得到的数据分别用UPGMA得到了聚类图。两个聚类图都显示四川省不同产地的川芎聚类一起。Mantel测试页表明,遗传距离和地理距离有明显的相关性。育种体系和人类的行为可能严重影响着川芎的遗传多样性和遗传结构。