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近年来，我国海水工厂化养殖业有了突飞猛进的发展，但同时对海域水环境造成了一定影响，海洋生态环境越来越引起关注。
本文对我国海水工厂化养殖过程中的一些生态问题进行了探讨，提出了通过建立宏观调控监督机制、加强基础性生物研究、培育养殖新品种、加强工厂化健康养殖技术研究、提高从业者素质等方面对海洋生态环境保护进行了论述。