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病证结合诊疗模式是中西医结合学科的重要特征。“证候病机及其与疾病和方剂的相关性，是证候研究的重要科学问题；方证相关性及其疗效机理是方剂研究的重要内容；确有疗效方剂的物质基础和作用机理及疗效评价标准是方剂研究的关键问题。”可以看出：其中证候病机、疾病、方剂的相关性是研究思路的关键，疗效、物质基础、作用机理是科学评价的重点，由此构成中医药关键科学问题的现代研究的主要内涵。本文提出了不同功效方剂治疗同一疾病取效的科学基础是病证结合的重要科学问题，介绍了病方(效)证结合动物模型实验研究的思路与方法，阐述了基于肝硬化证候病机的5个不同功效古典方剂干预治疗肝硬化多种模型的实践探索。