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海洋蓝细菌中的聚球藻(Synechococcus)是海洋碳循环的主要参与者，在富营养的近岸水体中尤为丰富，具有较高的丰度与生态型。人类活动及水文动态可能影响聚球藻的分布与动态。我们利用流式细胞及 rDNA ITS 序列研究了山东烟台牟平近海养殖区2015年夏季缺氧事件发生前、中、后期水体聚球藻丰度及生态型多样性的时空变化。结果显示：不同深度，不同月份间聚球藻生态型的组成差异显著；克隆文库测序及系统发育分析发现：在缺氧事件发生前、中、后期水体聚球藻优势类群均不同。多样性指数在不同深度间差异不显著，不同月份间差异显著。典型对应相关分析表明聚球藻生态型的分布与温度，盐度和溶解性硅元素的浓度含量显著相关。