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目的:通过PCR-DGGE克隆测序技术分析逆行性牙髓炎感染根管内与牙周袋内感染细菌之间的关系及差异.方法:临床采集13例逆行性牙髓炎牙周袋和感染根管及唾液样本,提取样本中细菌总DNA,采用细菌通用引物扩增细菌16S rDNA的V2-V3区,PCR产物经过DGGE进行分离,采用树状图分析对比牙周袋内、根管内以及唾液中的细菌组成的相似性.并通过分别计算根管组与牙周袋组和唾液组细菌的重叠率,分析根管内菌群与牙周袋和唾液内细菌的相关性.对4例样本进行克隆测序,对结果进行统计分析.结果:分析DGGE指纹图谱,牙周袋组样本得到1 57条条带,根管组样本得到43条条带,唾液组样本得到143条条带.比较同一病例的根管组和牙周袋组,根管组和其它病例的牙周袋组的重叠率,两组间的数值有统计学差异(P<0.05).根管组细菌与牙周袋组细菌具有显著正相关关系.克隆测序发现Filifactor属,微单胞菌属,密螺旋体属,毛螺菌科Johnsonella sp.oral taxon 166为根管样本和牙周袋样本出现重叠的细菌属.结论:通过对DGGE条带重叠率及测序结果的分析,证实牙周袋内的细菌与牙髓组织感染有关,两者之间存在相关性.优势菌的构成尚需进行大样本量实验分析.