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鱼茶是由新鲜的鱼肉和蒸熟的稻米混匀后发酵而成,是典型的海南省黎族传统发酵食品.由于鱼茶在当地被广泛食用且其中微生物种类丰富,因此该食品被认为是我国热带地区微生物多样性研究的绝佳模型.本研究应用宏基因组学与荧光定量PCR和分离鉴定相结合的方法对采集自海南省不同黎族聚居地的鱼茶样品中有益微生物多样性及其功能基因组进行了系统研究.由高通量测序结果可知,在菌属的水平,Lactobacillus(测序条带数相对含量43.28％)是鱼茶中的优势菌属,随之Lactococcus、Enterococcus、Vibrio、Weissella、Pediococcus, Enterobacter、Salinivibrio、Acinetobacter、 Macrococcus、Kluyvera和Clostridium菌属的含量也均超出测序条带数相对含量的1％,而荧光定量PCR的检测结果进一步验证了上述菌属的含量.基于加权UniFrac距离的主坐标分析显示,不同黎族聚居地鱼茶样品中微生物群落结构差异显著,且主要差异性菌种为Lactobacillus sakei、Lactobacillus saniviri和Staphylococcus sciuri.在微生物功能代谢的层面,我们发现鱼茶样品中微生物在氨基酸和碳水化合物的利用及转运等代谢通路出现富集,这提示在鱼茶微环境中微生物生长代谢旺盛.据此,我们应用普氏分析技术完成了鱼茶中微生物物种及其功能单元的关联性分析.此外,应用纯培养技术我们分离鉴定到乳杆菌属下13个菌种,其中Lactobacillus plantarum (60株)和Lactobacillus pentosus(34株)是绝对优势菌种.本研究的开展将为传统发酵食品鱼茶的工业化生产提供理论依据,也为我国热带地区有益微生物资源的开发及利用带来全新视野.