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过程系统工程的概念内涵将企业的经营管理、供应链和MES的运作紧密联系在一起，要求MES系统当企业组织结构调整、工艺过程改造、产品方案变动等发生时，具有对工厂过程和业务过程持续变化的适应能力。本文提出了一种面向流程企业的可配置的MES体系结构，包含模型层、协同平台层和功能层三个配置层次，通过模型层实现业务功能与工厂描述分离；协同平台层实现业务逻辑与技术支撑分离，以及实现整体过程协同和全局优化；功能层实现不同厂商产品间标准化的功能接口。最后，以基于可配置体系结构的MES产品（SMES）为例，分析了各层次的实现方式，以及对流程企业业务持续变化的适应性验证。