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关联分析(association analysis)是利用不同基因座等位变异基因间的连锁不平衡关系，进行标记与性状的相关性分析，以达到鉴定特定目标性状基因(或染色体区段)的目的。通过利用历史和进化上的重组，关联分析已成为一种能将复杂性状变异定位到序列水平的手段。与传统的连锁分析相比，关联分析具有不需要构建作图群体和连锁图谱，可同时考察一个基因座的多个等位基因，定位精度更高等优点。本研究对两个玉米地方品种成对杂交产生的135个家系（70个正交家系和65个反交家系）进行关联分析，并对其有效性进行了模拟研究。