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烟粉虱传播的番茄黄化曲叶病毒病造成世界范围内番茄品质和产量的降低,甚至绝收.近年来,人们发现长链非编码RNA(lncRNAs)在动植物生长发育中起着非常重要的作用,然而,lncRNAs在植物抵御DNA病毒侵染过程中的作用未见报道.我们通过对番茄接种黄化曲叶病毒的链特异性转录组测序,建立了番茄长链非编码RNA的预测流程,并预测到1565条lncRNAs,其中包括基因间长链非编码RNA和反义RNA.选择部分接种前后差异表达的lncRNAs进行瞬时沉默和过表达分析,进一步明确了lncRNAs在抗TYLCV中的作用.同时,我们还发现一些lncRNAs作为内源microRNAsmimics,通过调节micoRNA下游靶基因的表达从而调控番茄的抗病性.此外,我们还发现lncRNAs对番茄的发育也具有重要影响.