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以提取大黄鱼肠道微生物总DNA电泳图谱质量及PCR-DGGE指纹图谱的影响作为判断依据,比较了机械法,酶法,化学法三种不同肠道微生物总DNA的提取方法的优化组合,结果表明酶法和化学法结合提取的总DNA效果最好；三种方法获得总DNA的质量以酶法和化学法结合最好；对PCR-DGGE指纹图谱分析表明,3种方法中后两种方法结合提取方法简单快速,提取的DNA最能反映出大黄鱼肠道微生物的多样性。