【摘 要】
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目的 食管肿瘤是常见的恶性肿瘤之一.通过研究GWAS中的单核苷酸多态性(SNP)作为不同基因因素的标记发现基因因素在食管肿瘤(EC)易感性中存在强烈的关联.拷贝数变异(CNV)可能成为一个额外基因变异的类型从而对食管肿瘤的发病机制产生作用.本研究检测了在中国汉族人群中的食管肿瘤患者和健康对照之间与食管肿瘤相关的癌基因PIK3CA(磷脂酰肌醇激酶-3的催化亚基)的CNV.方法 与食管肿瘤相关的癌基因
【机 构】
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第三军医大学西南医院胸心外科 第三军医大学遗传学教研室
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目的 食管肿瘤是常见的恶性肿瘤之一.通过研究GWAS中的单核苷酸多态性(SNP)作为不同基因因素的标记发现基因因素在食管肿瘤(EC)易感性中存在强烈的关联.拷贝数变异(CNV)可能成为一个额外基因变异的类型从而对食管肿瘤的发病机制产生作用.本研究检测了在中国汉族人群中的食管肿瘤患者和健康对照之间与食管肿瘤相关的癌基因PIK3CA(磷脂酰肌醇激酶-3的催化亚基)的CNV.方法 与食管肿瘤相关的癌基因PIK3CA的候选CNV区域我们定位于3q26区域,因此区域突变在之前的研究中发现与食管肿瘤发生发展密切相关.因此,我们通过基因组变异数据库(DGV),选择了variation_91720作为候选本研究的CNV.我们运用实时荧光定量PCR(Real-time FQ-PCR)基于TaqMan拷贝数Assays的方法检测了中国汉族人群中212名食管肿瘤患者和208名健康对照人群的目的基因PIK3CA的候选CNV变化.结果 CNV结果我们用Copycaller2.0v软件计算,统计学分析用SPSS13.0进行.肿瘤组与对照组性别、年龄均无统计学差异(P＞0.05).卡方检验比较肿瘤组和对照组CNV值构成比例,分层为CNV(获得和丢失)与无CNv(CNV=2),CNV获得与其余部分(CNv＜=2)、CNV丢失与其余部分(CNv＞=2)三种分层方法进行分析,分析发现CNV与无CNV、CNV丢失与其余部分二者构成比有明显统计学差异(P＜0.01),且肿瘤组较对照组CNV高,CNV丢失多.相反,CNV获得与其余部分构成比分析无统计学差异(P=0.225).PIK3CA基因候选CNV值在食管肿瘤中明显更低(非参数M-W U检验,P=0.001,mean rank 398.61 vs 445.83).结论 本研究中发现与食管肿瘤发生相关的PIK3CA基因相关的候选CNV与食管肿瘤易感性存在关联.根据统计学分析结果发现我们的候选CNV区域(vari ati on_91720)拷贝数变化在食管肿瘤患者中较健康对照大,出现更多的CNV,提示本区域在食管肿瘤中更不稳定,更重要的是在肿瘤组构成比中CNV丢失发生频率更高,CNV获得二者却无明显差异.综上,本研究发现PIK3CA基因候选CNV variation_91720区域拷贝数减少与食管肿瘤易感性明显关联.这与之前研究PIK3CA突变扩增促进肿瘤发生发展这一结果相反,推测其CNV明显减少与PIK3CA扩增起相反作用.未来需要更多的关于食管肿瘤的病因研究及PIK3CA的CNV相关的更多的功能研究.
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