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纤毛虫的每一结构层次均表现出高度的多样性，且其经因漫长进化得以合理配置，因些一重要特征纤毛虫现已成为真核生物细胞与分子进化研究的理想模型。研究这一类群生物的纤毛虫系统学依赖于技术的发展，过去几乎完全是与显微方法平行发展的。近十年来，随着分子生物学技术的发展，分子序列资料进入纤毛虫系统学，使该学科进入一个新时代。诸多被研究的分子中，核糖体DNA基因一直作为重点对象。该文将讨论利用分子系统学工具研 究纤毛虫进化时的两个问题：(1)Karyorelictids（核残类）大核特征即它无分裂能力和似 双倍体大核的起源与进化，这一特征一直被认为是纤毛虫的原始特征；(2)自由生活和腔道 生活纤毛虫中发现的产氢胞器即氢化酶体起源与进化。