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聚集经济的本质是微观经济，对聚集的研究中，由于数据的局限，企业并没有得到城市经济学和空间经济学足够的重视。直观上“企业-区域”组成了一个完整定义的阶层结构，当数据呈现嵌套结构时，一般回归分析中对个体独立性的假设一般并不正确，相同的区域效应作用于区域内的所有企业使得误差项中包括了组内相关。所以，同时对微观和宏观层进行建模是个合适的选择。与一般的单层次模型相比，阶层模型处理了组内相关且不受组别数量导致的自由度影响。在阶层模型与空间模型的结合随着空间计量经济学的发展日趋成熟的背景下，鉴于目前为止采用“企业-区域”结构对聚集效应对企业的影响研究中多采用非阶层模型或者非空间模型，本文将这种研究拓展至阶层空间模型。本文构建了企业生产的随机截距项阶层空间模型，并进行贝叶斯估计。此模型同时考虑了“企业-区域”的嵌套结构和区域效应的空间相关。此后采用该模型对2007 年我国制造业企业和城市专业化和多样化两种聚集进行实证研究，发现：聚集具有全局溢出效应；专业化对制造业企业生产的直接效应为负且显著，但负向的间接效应却局限在一定的地理范围内；多样化的影响并不显著；有三大区域的城市对企业生产具有正向的环境效应。