【摘 要】
：
pH表征溶液的酸碱度,是自然界中许多生物化学过程的调控因子,例如酶的催化反应,细胞离子通道的开关,蛋白质折叠和聚集以及脂质分子的自组装等.然而,传统的分子动力学模拟
【机 构】
：
集美大学计算机工程学院,厦门市集美区银江路183号,361021
【出 处】
：
第十一届全国软物质与生命物质物理学术会议
论文部分内容阅读
pH表征溶液的酸碱度,是自然界中许多生物化学过程的调控因子,例如酶的催化反应,细胞离子通道的开关,蛋白质折叠和聚集以及脂质分子的自组装等.然而,传统的分子动力学模拟并没有考虑溶液酸碱度对可滴定基团质子化态的影响.人们一般只能根据已知的可离子化基团(如天冬氨酸、谷氨酸和组氨酸)在溶液中的pKa或者基于晶体结构估算的pKa来设定可滴定位点在分子动力学模拟中的质子化态.其中,pKa是一个重要的实验可观测量.通过pKa可以获得一个可滴定位点在某个pH条件下的质子化和去质子化反应平衡的信息.由于实验条件的限制,通常只能测得一些结构相对简单的分子的pKa.实际上,生物大分子(如蛋白质、DNA和RNA)复杂的分子间相互作用可导致分子上可滴定位点的pKa发生偏移.为了研究pH依赖的分子机制,我们可以采用理论的工具(例如恒定pH分子动力学(CpHMD))来预测pKa以及不同pH条件下的热力学和动力学性质.CpHMD利用Henderson-Hasselback方程将环境变量pH考虑到分子动力学模拟,不仅可以预测可滴定位点的pKa,还能提供质子化态与分子构型的耦合.这里我们将介绍恒定pH分子动力学方法的最新进展[1,2],以及最近该模拟技术在研究酶催化机理等方面的应用[3-6].
其他文献
The protein orientation and conformation on surfaces were investigated by multiscalesimulations.Based on a coarse-grained protein model,parallel tempering M
结晶和熟化是物质结晶过程中的两个典型过程，熟化过程中晶粒大小的改变对材料的化学性质(催化)、力学性质(强度、硬度、模量)等有着显著的影响。在胶体粒子体系的液-固相
当纳米孔道的尺度达到纳米即接近分子大小时，将会出现许多奇异的输运现象。研究这些输运现象对于了解细胞膜离子通道机制，制备新型高效分离设备淡化海水，处理污水，探索新型DN
细胞膜的微观结构与细胞膜的生物功能密切相关。然而，由于细胞膜成分和结构的复杂性，细胞膜在纳米尺度上的微观结构(尤其是纳米尺度的脂筏)的形成机制仍然不是十分清楚。近
自推进体系是当前软物质相关研究的一个热点，通常自推进物体的持续运动能力主要依赖于与周围环境的非对称相互作用。基于此非对称推进机理，各种微纳尺度的Janus 粒子被设计
嵌段共聚物自组装一直是研究者们关注的热点,理论模拟方面的探索可以为实验提供指导.由此,我们通过自洽平均场理论对B1AB2CB3多嵌段共聚物相行为进行了研究.B1AB2CB3多嵌
聚合物接枝在纳米粒子表面的配体链数目分布对调控无机/有机纳米复合材料的性能至关重要。基于Bockstaller等人的分布模型1,我们提出了一个依赖于配体链转化率的普适的分
大量实验研究证明在溶剂的主体相中会存在稳定时间极长的纳米气泡，我们称之为主体相纳米气泡。主体相纳米气泡在诸多应用领域，如滑移减阻现象、泡沫浮选和蛋白质吸附等，具有
We find by simulations and experiments that the emergent edge flow in a confined active-rotor system exhibits a striking oscillation as the distance to the
肌动蛋白(G-actin)是动物细胞中含量最丰富的蛋白，它们在细胞内可以自组装形成们双螺旋状的微丝(F-actin)。肌动蛋白及微丝与系列细胞功能有密切关系，包括肌肉收缩、支持细