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本文在界定海洋功能区划评估含义的基础上，通过对海洋功能区划的发展和实施情况的分析，提出了从海洋功能区划执行情况、海洋功能区划执行效果和海洋功能区划依赖条件变化三方面构建海洋功能区划评估指标体系的基本构架，探讨了海洋功能区划评估指标选取应当遵循的基本设计思想。其中，海洋功能区划执行情况主要涉及海洋功能区划概况、海域开发利用概况、海洋功能区划的目标实现情况、制度落实情况和社会参与情况等指标；海洋功能区划执行效果主要从规范海域开发秩序、保护海洋资源环境、促进海洋经济发展等方面的成效和存在的问题进行评估；海洋功能区划依赖条件变化主要从社会经济条件变化、海洋产业用海需求变化、自然资源条件变化、海洋环境条件变化等指标进行评估，衡量其变化程度。根据国家级、省级和市县级海洋功能区划编制内容的不同，提出了不同级别海洋功能区划评估的侧重点，制定了评估流程。在此基础上，运用定量评估为主、定性分析为辅的方法，以深圳市海洋功能区划为例，将海洋功能区划评估指标应用到海洋功能区划评估的实践工作中，检验了海洋功能区划评估指标体系的科学性、合理性和可行性，指出区划评估仍需研究的问题，对深入开展海洋功能区划评估具有一定的参考意义。