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针对不可控的天气与可控的农资投入水平均会影响农产品产出的问题，建立了由一个公司和一个农户组成的两级农产品供应链随机利润模型，比较分析了集中决策下供应链系统与分散决策下农户的最优农资投入决策，提出了天气影响产出下农产品供应链的风险补偿协调策略，在农户决策农资投入水平而公司决策收购价格的情形下，依据整个农产品生产过程中的天气情况和农资投入水平来设计风险补偿契约。研究表明：在所设计与天气指数和农资投入水平相关的风险补偿协调契约下不利天气的影响不会改变农产品供应链的协调状态，并能有效地激励农户通过提高农资投入水平来保障农产品的稳定供应，进而增强了农产品供应链的稳健性。最后，通过数值仿真验证了所设计的风险补偿协调契约的有效性。