基于标准菌株的微生物系统发育研究系统

来源 :第三届全国计算生物学与生物信息学学术会议 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xqdy1200
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  背景:当前使用最广泛的16S rRNA序列数据库已经收集了比较全面的微生物16S rRNA序列数据,但都缺乏对序列数据的筛选整理。数据库中存在大量非标准菌株的16S rRNA序列数据,而非标准菌株的16S rRNA序列并不适合直接用于物种鉴定、进化树制作等微生物系统发育研究工作。目前微生物群落多样性研究的高通量测序数据主要使用基于上述缺乏筛选非标准菌株的数据库构建的工具进行物种分类地位鉴定。这类工具最终只能将分类结果精确至属,无法进一步界定微生物的种。使用16S rRNA制作进化树,是进行微生物系统发育研究的重要手段。虽然目前可以借助MEGA、Phylip等进化树制作工具制作进化树,但仍有很多生命科学、环境科学领域的科研工作者,不懂得如何制作进化树,或者在制作进化树的过程中存在很多错误。需要一款简单易用、科学可靠的进化树制作与分析工具。
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