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根据1998-2006年在长江口及邻近海域监测得到的水质要素，利用层次分析法和主成分分析法，建立了该海域水环境综合评价指标体系，并计算得到2006年长江口及邻近海域水环境综合指数及其分布状况，分析了不同分区水环境综合指数的趋势变化。结果表明：(1)与等指标权重相比，通过监测数据赋予各个水质要素不同的指标权重，其更能客观评价调查海域水环境综合状况。(2) 2006年调查海域大部分区域水环境综合状况为三等和四等，其中杭州湾内和口门附近的横沙浅滩／九段沙以东区域为四等水环境区域，口门内，口门及口门外（近岸）区域为三等水环境区域，口门外（外海）区域为一等水域。(3)根据不同指标权重得到的1998-2006年调查海域各分区的水环境综合指数变化趋势发现，1998-2000年明显下降，2000-2006年变化趋势不明显。由相同指标权重得到的2000-2006年的综合指数变化趋势也不明显。