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吡咯-咪唑类聚酰胺能够高亲和性、高特异性地结合到DNA 双螺旋的小沟(MinorGroove)内,通过氢键识别DNA 碱基序列[1]:反向平行成对的Im/Py 特异性识别G·C碱基对,而Py/Im 特异性识别C·G 碱基对,Hp/Py 特异性识别T·A 碱基对,Py/Hp 特异性识别A·T 碱基对。