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2013年8月22日,国务院正式批准设立中国(上海)自由贸易实验区,并于9月29日上午10时正式挂牌成立。对内,标志着制度创新、政府职能转变的开始;对外,标志着中国将深入参与国际经济活动和国际贸易的里程碑。在实现贸易便利化的同时,产生了许多原本未有的知识产权问题。本文主要分析了自由贸易区模式下货物入境、过境转运的法律适用与监管问题以及涉外代工、定牌加工货物出口贸易的知识产权问题。同时,本文针对所提出的问题在立法层面分四个方面提出建议。