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辅酶Ｑ，是呼吸链中的一种酶，普遍存在下原核与真核生物中，在真菌中，共有９种可变换的辅酶Ｑ类型，即Ｑ－５，Ｑ－６，Ｑ－７，Ｑ－８，Ｑ－９，Ｑ－１０和Ｑ－９（Ｈ２），Ｑ－１０（Ｈ２），Ｑ－１０（Ｈ４）。其中真菌菌丝体中分布最广的辅酶Ｑ型是Ｑ－９。而Ｑ－５，Ｑ－６，Ｑ－７，Ｑ－８存在于酵母样真菌中，个别子囊菌中可发挥氢化型的辅酶Ｑ。应用辅酶Ｑ系统作为真菌分类的化学指标可以避免由于菌细胞形态相近，胞壁的人