不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

• 作 者: 简华锋 祖盘玉 李洪林 牟腾慧 龙广丽 饶永超 林家栋 李辉
• 机 构: 贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室,贵州大学家禽研究所,贵州大学科研鸡场,贵州农业职业学院
• 出 处: 南方农业学报
• 发表日期: 2020年8期
• 关键词: 鸡 羽色 刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP) SNP位点 生物信息学 chickenfeather coloragouti signal protein(ASIP)
• 基金项目: 贵州省科技计划项目(黔科合支撑〔2019〕2285号)

【目的】揭示刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP)SNP位点突变与不同鸡种羽色差异形成机制的关联性,筛选出与鸡种羽色相关的辅助育种分子标记。【方法】参考NCBI已公布的红色原鸡ASIP基因序列(登录号NC_006107.5),运用Primer Premier 5.0设计特异性引物,以罗曼蛋鸡、泰和乌骨鸡、兴义矮脚鸡白羽系、赤水乌骨鸡、贵州黄鸡和瑶山鸡为研究对象,通过DNA混合池及PCR直接测序法筛选不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点;估算各SNP位点等位基因频率后,使用RNAfold、NetPhos 2.0、Ne