基于转录组的荔枝XTH家族基因的鉴定及分析

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为了研究木葡聚糖内切葡聚糖酶/水解酶(xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase, XTH)基因家族在荔枝花穗发育过程中的分布及表达情况,本研究基于‘妃子笑’荔枝花穗转录组数据,利用生物信息学研究方法,首次对‘妃子笑’荔枝XTH基因家族进行鉴定,包括基因的基本物理和化学特征,亚细胞定位,蛋白质保守结构域,进化关系和表达模式。结果表明:LcXTH基因家族成员有29个,其蛋白长度范围在37311 AA之间,对应的相对分子量范围在4.39835.711 kD之间,等电点(pI)范围为4.399.46。此外,亚细胞定位分析显示所有LcXTH蛋白均位于细胞壁;LxXTH含有2个相对保守的结构域(Glycohydro16结构域和XETC结构域);系统发育树分析表明LxXTH基因家族分为四组(Ⅰ组),不同发育阶段LcXTHF基因的表达模式不同。本研究为进一步对XTH基因的功能研究提供理论依据。
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