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用光学（相差）显微镜、扫描电镜和透射电镜观察了湛江等鞭金藻的外部形态和内部结构。湛江等鞭金藻有两条比藻体略长的鞭毛，两鞭毛几乎等长，光滑、无突起和纤毛。藻体表面无鳞片包被。细胞内有一整块怀形色素体，细胞核在怀形色素体中，白糖素１～２个位于细胞中前部。细胞内有线粒体、内质网和高尔基体，还有由两个椭圆形小体组成的眼点都位于细胞的前端。